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일본의 성서 역사는 1549년 프란시스코 자비엘(1506-1552)이 카고시마(鹿兒島)에 처음 상륙하면서 가지고 온 일본어로 된 마태복음서에서 시작되는 것으로 알려져 있습니다. 그러나, 현재 기록은 남아있지 않습니다

플로이스의 일본사에 따르면, 자비엘이 말라카에서 만난 일본인 야지로의 협력으로 일본어역을 계획하고 있었다는 것은 확실합니다. 자비엘과 동행한 수도사 일만 페르난디스(1525-1568)는 야지로의 협력을 얻어 신앙문답을 로마자로 번역하였습니다. 신앙문답 안에는 모세의 십계나 주기도가 당연히 포함되어 있었을 것이므로, 성서의 일부가 이미 이 시대에 일본어로 번역된 것으로 볼 수 있습니다. 페르난디스는 사복음서를 모두 번역하고자 한 것으로 보이나 이에 관한 상세한 사실은 알려지지 않았습니다. 그러나, 그와 함께 같은 곳에서 포교하고 있었던 플로이스의 기록에 따르면, 이 초본은 1563년 나가사키현(長崎縣) 타쿠시마(度島)의 교회 화재로 무참하게도 소실되었다고 합니다.
현재 알려져 있는 가장 오래된 일어역 성서의 단편으로는, 마츠다 키이치(松田毅
一)씨가 1960년 에볼라 도서관으로부터 정리를 의뢰 받았을 무렵 고병풍의 초배에서 발견된 것이 있습니다. 거기에는 구약성서의 전도서 3장 7절이 말할 때가 있고 잠잠할 때가 있으며라고 번역되어 있습니다. 그밖에 이사야 1장 11절 등 몇 구절인가의 번역 초안이 발견되었습니다. 이들은 1580년경의 것으로 추정됩니다.
영국국교회의 신도이자 선장이었던 세일스는『일본항해기』의 1613년 10월 9일에, 미야코(京都)에서 신약성서를 일본어로 인쇄하였다라고 기록하였습니다. 이 쿄오토오(京都)판은 가톨릭교회의 기록에 의해서도 입증되고 있으나, 그 외 더 이상의 정보는 남아있지 않습니다.